В конце XII века под основанным в 929 году немецким королём Генрихом I Птицеловом замком Мисния из поселения возникает город Мейсен (права города дарованы 1332). Начиная с X века на берегу Эльбы под замком возникает рыночная площадь, в XI веке на так называемом Новом рынке — поселение немецких и еврейских торговцев, а с 1150 года вокруг нынешнего рынка — городские сооружения. Благодаря своему положению между Лейпцигом и Прагой, а также потребности в товарах в возникавших вокруг города деревнях, Мейсен процветал.
С введением маркграфства и основанием епископства в 968 году Мейсен становится административным центром марки Мейсен. С переходом титула курфюрста Фридриху IV Сварливому в 1423 году Мейсен становится центром курфюршества Саксония. Об этих временах напоминают готический собор, самый выдержанный по стилю в Германии, и первый в Германии дворец — замок Альбрехтсбург в позднеготическом стиле.
После Лейпцигского деления 1485 года веттинских земель резиденция была перенесена в Дрезден и Виттенберг. В результате проведённой в 1539 году Реформации три находившиеся здесь монастыря были распущены, и в бывшем францисканском монастыре была открыта городская школа. С 1543 года в бывшем монастыре святой Афры находилась саксонская княжеская школа. В 1581 году было упразднено Мейсенское епископство.
Долгое время Мейсен был городом, производящим полотно, но после Тридцатилетней войны это производство полностью пришло в упадок.
